Departamentul Navigație și Transport Naval s-a înființat în anul 2013 ca urmare a reorganizării Academiei Navale "Mircea cel Bătrân" și reunește toate disciplinele necesare formării ofițerilor de punte de nivel operațional și managerial pentru marina comercială. De asemenea, Departamentul Navigație și Transport Naval asigură cadre didactice de specialitate necesare formării ofițerilor de punte pentru Forțele Navale.
Fișele disciplinelor respectă normele academice, prevederile codului STCW 78/95, amendamentele convenției de la Manila și ale modelelor de curs IMO 7.01, 7.03.