Academia Navală "Mircea cel Bătrân" își are sorgintea în Școala Flotilei, înființată prin Decizia Ministerului de Război nr. 15 din 17 noiembrie 1872, cu sediul la Galați. Pe parcursul a doi ani de studiu, în această instituție s-au pregătit ofițeri și subofițeri care au îndeplinit diferite funcții de la bordul navelor Marinei Militare, dar și ale Flotei Comerciale Române. Ulterior, învățământul superior de marină a evoluat sub diferite denumiri, conform organizărilor și reorganizărilor învățământului militar. După 1878, o parte a ofițerilor de marină au provenit de la școlile armatei de uscat, îndeosebi de la Școala Militară de Artilerie, Geniu și Marină.
Pentru pregătirea specială de marină a ofițerilor repartizați în flota militară la școlile militare, la 26 februarie 1896 s-a înființat Școala de Aplicație a Sublocotenenților de Marină, ce a funcționat la Galați până în anul 1901, când a fost mutată la Constanța. La 29 octombrie 1909, Școala de Aplicație a Sublocotenenților de Marină a fost organizată pe alte baze, superioare din punct de vedere teoretic și practic, primind denumirea de Școala Navală Superioară. Ea a funcționat la Constanța până la Primul Război Mondial.
După război, secția de marină din Școala de Artilerie, Geniu și Marină și-a reluat activitatea la 9 iunie 1920, prin decizia ministrului de război. Această secție fiind mutată la Constanța, a fost reorganizată într-o instituție de învățământ superior complexă, cu denumirea de Școala Navală, care a funcționat începând cu anul de învățământ 1925-1926, cu unele întreruperi până în anul 1939-1940, având și o secție pentru elevii cu termen redus (T.R.). Pentru formarea personalului specializat necesar navelor comerciale, la 1 octombrie 1938, în cadrul Școlii Navale s-a înființat Secția Marinei de Comerț.
După al Doilea Război Mondial, instituția și-a schimbat denumirea în Școala Navală și Școala de Maiștri (martie-decembrie 1948), Școlile Marinei Militare (decembrie 1948 - iunie 1950), Școala de Ofițeri de Marină (iunie 1950 - 1952), Școala Militară de Marină (1952 - 1954), Școala Militară Superioară de Marină (1954 - 1968). La 1 septembrie 1959, reînnodând o tradiție, s-a reînființat Secția Marinei Comerciale.
Începând cu 1 ianuarie 1969, s-a schimbat din nou denumirea în Școala de Ofițeri Activi de Marină "Mircea cel Bătrân", continuând să pregătească, pe parcursul a patru ani, ofițeri pentru Marina Militară și Marina Comercială. Atribuirea numelui domnitorului Mircea cel Bătrân (1386-1418) școlii a produs o reală bucurie în rândul corpului profesoral și al elevilor, întrucât, sub cârmuirea marelui voievod, Dobrogea, străvechi pământ românesc, s-a reunit cu Țara Românească, ce își recâștiga astfel ieșirea la Marea Neagră, realitate istorică ce semnifică, în fond, perenitatea prezenței românești pe litoralul vest-pontic.
Prin Hotărârile de Guvern nr. 406 din 23 aprilie și 551 din 17 mai 1990, Institutul de Marină a fost reorganizat ca urmare a consecințelor Revoluției din decembrie 1989, înființându-se Academia Navală "Mircea cel Bătrân", instituție militară de învățământ superior de specialitate.